タイトルの通り、IEだけなぜか右端の縦スクロールバーの裏側までページが表示され、全体的に右に寄っているような表示になる現象に遭遇しました。ちなみに、このときのスクロールバーは半透明で、ページからカーソルを離して少し放置するとスクロールバーが消えます（カーソルを乗せ直すと表示される）。

どうも不要な場合はスクロールバーを消して、その分幅いっぱいページを表示しているようなのですが…右下や右上にページトップに戻るボタンを置いているサイトの場合、右端に近い場所だとスクロールバーと重なって使いづらいことに…。

@-ms-viewport {    width: auto;    initial-scale: 1;}

自分のテストサイトでは上記を追加してIEの場合だけ制御を付けることにしました。

…まったく、IEはいつまで経っても余計な事ばかりする…。

参考

• IEブラウザの右スクロール部分 – ブラウザ | 【OKWAVE】

これはブラウザに設定する場合の手順ですが、サイトのcssに書いても同様の効果が得られますね。